商业特许经营许可证的办理流程主要包括以下几个步骤：
准备相关材料：
营业执照复印件或企业登记（注册）证书复印件。
特许经营合同样本。
特许经营操作手册。
市场计划书。
表明符合《商业特许经营管理条例》第七条规定的书面承诺及相关证明材料，包括拥有成熟的经营模式、持续提供经营指导等能力的证明，以及拥有至少2个直营店且经营时间超过1年的证明。
国务院商务主管部门规定的其他文件资料。
提交备案申请：
特许人向市商务局或其他相应的商务主管部门申请备案，并提交上述准备的材料，以获取商务部商业特许经营管理系统的登录号和密码。
在线填报备案材料：
获取登录号和密码后，特许人需登录商务部商业特许经营信息管理系统，按照系统要求准确、完整地填报备案材料，并上传相关文件的电子版文档（应为原件的pdf格式扫描件）。
商务主管部门审核：
商务主管部门将对特许人提交的纸质和系统上的备案资料进行审核。审核过程中，若发现申请资料不完备，将要求申请人在规定期限内（如7日内）补充提交。
自资料完备之日起，商务主管部门将在规定时间内（如10日内）完成备案，并在商业特许经营信息管理系统上予以公告，向特许人发放备案证明。
商业特许经营备案注意事项及要求
特许人资质要求：
特许人必须是企业，企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动。
特许人须拥有注册商标、企业标志、专有技术等经营资源。
特许人应拥有成熟的经营模式，并具备为被特许人持续提供经营指导、技术支持和业务培训等服务的能力。
特许人应拥有至少2个直营店，并且经营时间超过1年。
信息披露要求：
特许人应当按照规定，在订立特许经营合同之日前至少30日，以书面形式向被特许人披露《商业特许经营信息披露管理办法》第五条规定的包括特许经营合同文本在内的相关信息内容。
特许人应当在每年第一季度将其上一年度订立的特许经营合同的情况向商务主管部门报告。
广告宣传要求：
特许人在推广、宣传活动中，不得有欺骗误导的行为，其发布的广告中不得含有宣传被特许人从事特许经营活动收益的内容。
特许经营协议要求：
特许经营协议中涉及或包括商标使用许可的，应按法律及行政法规规定，及时向国家工商行政管理局商标局备案，并报特许人和受许人所在地的工商行政管理机关备案。
法律合规要求：
特许人和受许人均应遵守相关法律法规，依法经营，依法办理有关法律事宜。
